Bejeu memiliki layanan transportasi jarak jauh yang melayani perjalanan antar kota dan antar propinsi.
 Jurusan utamanya adalah Jepara – Kudus – Semarang- Jabodetabek PP, 
Jepara – Kudus – Semarang – Denpasar PP dan Jepara – Kudus – Semarang – 
Bandung PP.
Sampai dengan saat ini, rute yang disediaakan oleh PO. Bejeu adalah sbb :
Sampai dengan saat ini, rute yang disediaakan oleh PO. Bejeu adalah sbb :
| No | Kode Trayek | Kode Online | Jalur Bis | 
|---|---|---|---|
| 1 | BE01-0 | Jepara – Pondok Cabe | Jepara – Welahan – Semarang – Kp.Rambutan – Lebak Bulus – Ciputat – Pondok Cabe | 
| 2 | BE02-0 | Jepara – Cileduk | Jepara – Kudus – Demak – Semarang – Kampung Rambutan – LebakBulus – Ciledug | 
| 3 | BE03-0 | Jepara – Pakem | Jepara – Kudus – Semarang – Lebak Bulus – BSD – Bitung – Jatake – Doyong – Pakem | 
| 4 | BE04-0 | Jepara – Ciawi | Jepara – Kudus – Semarang – P.Induk – P.Rebo – Simp Depok – Cibinong – Pomad – Jl.Baru – Wr.Jambu – Bogor – Tajur – Ciawi | 
| 5 | BE05-0 | Jepara – Cileungsi | Jepara – Kudus – Semarang – P. Induk – P. Rebo – PAL – Citeurep – Gn. Putri – Cileungsi | 
| 6 | BE06-0 | Jepara – Poris | Jepara – Welahan – Semarang – Grogol – Kembangan – Kalideres – Poris – Cengkareng | 
| 7 | BE08-0 | Jepara – Rawamangun | Jepara – Kudus – Demak – Semarang – Rawamangun – Mangga Besar | 
| 8 | BE09-0 | Jepara – Poris2 | Jepara – Kudus – Semarang – Grogol – Kembangan – Kalideres | 
| 9 | BE10-0 | Jepara – Bubulak | Jepara – Kudus – Semarang – Cikarang – Jati Asih – Ceger – Lebak Bulus – P. Cabe – Parung – Bubulak | 
| 10 | BE12-0 | Jepara – Kebayoran Lama | Jepara – Kudus – Semarang – Klari – Bulak Kapal – Slipi – Mayestik (Taman Puring) – Kebayoran – Palmerah – Cipulir | 
| 11 | BE88-0 | Jepara – Merak | Jepara – Kudus – Semarang – Bitung- Ciujung – Balaraja – Serang – Cilegon – Merak | 
| 12 | BE99-0 | Jepara – Denpasar | Jepara/Semarang – Kudus – Denpasar | 
| No | Kode Trayek | Kode Online | Jalur Bis | 
|---|---|---|---|
| 13 | BE01-1 | Pondok Cabe – Jepara | Pondok Cabe – Ciputat – Lebak Bulus – Semarang – Kudus – Jepara | 
| 14 | BE02-1 | Cileduk – Jepara | Cileduk – Cikarang – Semarang – Kudus – Jepara | 
| 15 | BE03-1 | Pakem – Jepara | Pakem – Doyong – Jatake – Bitung – BSD – Semarang – Kudus – Jepara | 
| 16 | BE04-1 | Ciawi – Jepara | Ciawi – Tajur – Bogor – Wr. Jambu – Jl. Baru – Pomad – Cibinong – Depok – P.Rebo – P.Induk – Jepara | 
| 17 | BE05-1 | Cileungsi – Pati | Cileungsi – Gn. Putri – Citeurep – PAL – P. Rebo – P. Induk – Semarang – Kudus – Pati – Wedari – Kajen – Tayu | 
| 18 | BE06-1 | Poris – Jepara | Poris – Kalideres – Kembangan – Grogol – Semarang – Kudus – Jepara | 
| 19 | BE08-1 | Rawamangun – Jepara | Mangga Besar – Rawamangun – Semarang – Demak – Kudus – Jepara | 
| 20 | BE10-1 | Bubulak – Jepara | Bubulak – Cibinong – Pal Depok – Semarang – Kudus – Jepara | 
| 21 | BE12-1 | Kebayoran Lama – Jepara | Kebayoran – Jatiasih – Semarang – Kudus – Jepara | 
| 22 | BE88-1 | Merak – Jepara | Merak – Cilegon – Serang – Balaraja – Ciujung – Semarang – Kudus – Jepara | 
| 23 | BE99-1 | Denpasar – Jepara | Denpasar – Kudus – Jepara | 
    .
   
    . 

